Tietojärjestelmään on tallennettu myös sellaisten henkilöiden nimiä ja puhelinnumeroita, joiden ei ole epäilty syyllistyvän tai myötävaikuttavan rikoksiin. Apulaisvaltakunnansyyttäjä Jorma Kalskeen mukaan merkinnät johtuvat muun muassa henkilöiden löyhistäkin yhteyksistä rikollisryhminä pidettyihin tahoihin.
Esitutkinta asiassa aloitettiin huhtikuussa 2013, kun julkisuudessa esitettiin tieto, että Venäjän presidentin Vladimir Putinin nimi oli merkitty epäiltyjen tietojärjestelmään. Perusteiltaan merkintä ei poikennut vallinneesta rekisterikäytännöstä, vaikka se sittemmin poistettiinkin virheellisenä.
Salaiseen epäiltyjen tietojärjestelmään on poliisilta saadun tiedon mukaan merkitty kaiken kaikkiaan yli 180 000 henkilön ja noin 20 000 yhtiön tiedot. Esitutkinnassa ja syyteharkinnassa on ollut käytettävissä vain pieni osa rekisterin koko tietosisällöstä.
Apulaisvaltakunnansyyttäjä on päättänyt nostaa syytteet kolmea henkilöä vastaan epäiltyjen tietojärjestelmään liittyvässä asiassa. Neljän henkilön osalta hän on tehnyt syyttämättäjättämispäätökset.
Syytteet tuottamuksellisesta virkavelvollisuuden laiminlyönnistä saavat Poliisihallituksen rekisterinpitopäällikkönä toimiva virkamies ja keskusrikospoliisissa epäiltyjen tietojärjestelmän vastuuhenkilöinä toimineet kaksi päällystöön kuuluvaa poliisimiestä. Laiminlyönnit liittyvät rekisterin tietosisällön valvontaan.
Epäillyt ovat kiistäneet syyllistyneensä asiassa rikokseen.
Kalskeen mukaan esitutkinnassa ja syyteharkinnassa on osoittautunut poikkeuksellisen hankalaksi selvittää, mihin virkamiesportaaseen valvonnan laiminlyöntiin liittyvä mahdollinen rikosoikeudellinen vastuu kohdistuu, koska muun muassa järjestelmän valvontaan liittyvä ohjeistus on puutteellinen.
Epäiltyjen tietojärjestelmä perustuu 1980-luvun lopulla käyttöön otettuun poliisin kansalliseen vihjetietokantaan. Järjestelmän suunniteltu käyttö liittyi ammatti- ja taparikollisten tarkkailuun. Rekisterimerkintöjen painopiste on kuitenkin vuosien kuluessa siirtynyt järjestäytyneeseen rikollisuuteen.
